绛云楼火灾后，钱谦益根据记忆，追录成《绛云楼书目》4卷，补遗1卷，书目分73类，从四部体系，其中新增地志、天主教2类，为同代私家书目所无。著录图书3300余种。收善本极多，重要的是留下了270余篇题跋文字，对了解版本和已佚古籍有帮助。晚年娶才女柳如是为妾，柳如是亦能藏书，并多有题跋。钱谦益去世后，藏书被钱曾掠去，柳如是被逼自缢。书目对宋元版本情况多有记载，是一部极有价值的私家藏书目录。有《牧斋书目》1卷、钱谦益除绛楼外，在其故第东城还有少量藏书，包括宋版《两汉书》等，加上他后来又陆续收集到的部分，在他去世后均归其族孙钱曾。藏书印有“钱谦益印”、“绛云”等。编著有《明史稿》，毁于火。著有《牧斋诗抄》、《有学集》、《初学集》、《投笔集》，清代版被禁毁。另有《楞严经蒙抄》、《金刚心经注疏》等10余种。
降清
崇祯12年已卯(公元1639年)钱谦益在草衣道人王修微家得见柳如是《西湖八绝句》诗，对“桃花得气美人中”句赞赏不已。于是应邀柳如是与之同游西湖。 从那个时候起，钱将柳比作卓文君，而柳把钱比作“才高博洽” “博通经籍”的东汉大才子马融，说：“天下惟虞山钱学士始可言才，我非才如学士者不嫁。”此时已丧偶的钱则答道：“天下有怜才如此女子者耶，我亦非才如柳者不娶。”崇祯十四年辛巳(公元1641年)六月初七日 钱以匹嫡之礼与柳结缡芙蓉舫中。这事在当时的士大夫中间颇招物议。“亵朝廷之名器，伤士人大夫之体统”。
明崇祯十七年甲申三月十九日，大顺军攻占北京，崇祯帝自缢于煤山，明亡。四月，清兵入关，进占北京。五月十五日，明福王朱由崧即位于南京，改年号弘光。这时候的钱谦益利用夫人柳如是与阮大铖的关系，谋就了礼部尚书的职位。据《南明野史》记载，“钱(谦益)声色自娱，末路失节，既投阮大铖而以其妾柳氏出为奉酒。阮赠以珠冠一顶，价值千金。钱令柳姬谢阮，且命移席近阮。其丑状令人欲呕。”
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