闻知王宝宝惨败的消息，本来就经不住打击的顺帝也是一病不起，最后死在了荒凉的应昌，至死都没有能再回到他的大都。顺帝死后不久，明军便包围了应昌，蒙古军仅抵抗了一天就告失守。北元朝廷所属的诸侯王、官吏都被俘虏，连顺帝的孙子买的里八刺也被明军捉住，拿送京师。只有顺帝的儿子爱酞识理达腊跑的快，带着几个随从逃到了和林，同另一个被追杀的倒霉蛋王宝宝会合。王宝宝和其它人一起拥立爱酞识理达腊继位，组建新朝廷继续和明军对抗。
两年后，朱元璋错误的估计了北元的实力。集中了十五万人，准备一战定胜负。明由李文忠、徐达、冯胜率领，分东西中三路进攻北元。其中东路军由李文忠统帅，在追击元军的过程中遭到伏击，不过李文忠所部的战斗力强悍，将伏军打退，随后又率部追击，再次遭到北元军的顽强。明军连续作战也使自己损失过大，最后只能班师回朝，东路军撤回关内。另外中路军方面情况也不好，徐达虽然在初期打败了王宝宝，但获胜后却犯了轻敌的大忌，被王宝宝又伏击了一次，明军死亡万余人，徐达收笼余部且战且退，回到了关内。三路军中，只有西路军取得了大劫，傅友德率部在甘肃七战七捷，取得了一定的胜利。不过西路军在设想之初只是侧应部队，担任主攻的东、中两路军都遭到重创，这次北伐基本可以看为失败的一次行动。此次进攻后，朱元璋熟悉了北元的实力，暂停了对北元的主动进攻。这样便给了北元暂时喘息的机会，蒙古人经过修整后又发动了对中原的攻击，双方在边境的冲突磨擦不断，明军据点守护北元也占不到什么便宜。不九，王宝宝病死，北元最后一个能打的人也走了，这对实力、人才本来就紧缺的北元来说无疑是斧底抽薪。
5年后，明军经过调整，大将徐达率部北上，击败了北元脱火赤部的进攻，接着没有停顿又继续进攻，俘虏了元将亦集乃。第二年，徐达再率明军，击败了乃儿不花的进攻。同年，明军对南方元军的进攻正在酝酿之中，傅友德和沐英率军翻越云贵高原，主力集结至滇东，元军也组织了十万人马，双方在白马池大战。元军抵挡不住，全线溃败，十万人马全部被打散，明军包围昆明城。梁王把匝剌瓦尔带着老婆孩子见无路可逃，便投滇池自杀。云南被明军攻克。明王朝的版图基本确立下来。
从公元1368年明军占据大都，至1381年攻克云南，明朝与北元之间的关系一直是又打又拉。朱元璋自从征讨受挫后便改变了对北元的战略方针，不仅放缓了对蒙古的进攻，而且还用利益收买蒙古人，以削弱蒙古的抵抗意志。此外，朱元璋还善待了被俘的北元皇孙脱古思帖木儿，并把他放回去，让他劝说北元皇帝，也就是他的爸爸爱猷识理达腊归顺大明。可是脱古思帖木儿回去后并没有照作，1378年爱猷识理达腊病死，脱古思继任北元皇帝，率部继续同明朝对抗，属于典型的死硬分子。
对此，朱元璋也失去了耐性。加上明军的实力有所恢复，于是新一轮的进攻开始。大将蓝玉担当了明军的主将，明军的'目标直指盘据在辽东的北元丞相纳哈出。纳哈出拥兵二十余万，在东北就是一个土皇帝，而且他所部的元军始终没有受到过打击，属于元军中的精锐部队。明军此次的目标就是辽东，将哈纳斯一举消灭，翦除帖木尔的左翼。
公元1387年，二十万明军远征辽东。由于辽东地处高寒地区，环境恶劣。明军便采取了步步为营的策略，并在沿途修筑城池，存积粮草，以其为根据地。随后大军直趋金山，乘着风雪将纳哈出所部包围。蓝玉派人同纳哈出交涉，劝他投降。纳哈出见情况对自己不利，再加上部将的劝说，最后只好率部投降。二十万元军的精锐全部作了明军的俘虏，辽东一举被明军攻克，这也是自石敬塘出卖幽云十六州后，汉人第一次将东北划到自己的版图。收附纳哈出后，蓝玉又率部西进，攻打北元的王庭。而对此，北元方面也有所准备，他们收拾行装后先北逃亡，躲到了很偏远的地区，准备乘明军缺粮撤退时再一举反扑。
明军在蓝玉的率领长途跋涉，寻找元军。半年之后，意外的来到了捕鱼儿海附近，遭遇元军。明军为此受了半年的磨难，此时已经没有对付纳哈出的那种闲心，明军一路追击，终于在现在俄罗斯境内的贝尔加湖将北元的王庭追上。一顿暴揍，脱古思帖木儿准备不足，因为他以为明军已经撤走了，结果明军竟然钻到他的家里来了。愤怒的明军在风沙的掩护下对北元进行了攻击，元军被打的挫手不及。脱古思帖木儿骑着跑的快，而北元自王宝宝之后最能打的蛮子(人名)则在乱军中被杀死。北元方面死伤惨重，脱古思帖木儿的二儿子地保奴以及他的嫔妃公主一百多，北元官员三千多人，外加七万七千多老百姓和十五万多头牲畜全部作了明军的战利品，此外元朝使用了一百多年的皇帝玉玺也被明军缴获。北元经此一战，彻底被打瘫痪。脱古思帖木儿带着太子天保奴和丞相失烈门逃到土剌河时被蒙古另外
一支部落的首领也速迭儿杀死。当年成吉思汗黄金家族统治蒙古的历史至此结束。
捕鱼儿海一役后，北元受了内伤，再也无力南下进行掠夺。不过此战后，朱元璋也没有再组织大规模的讨伐，除了朱棣北伐两次之外，明军再无大动作。毕竟像蒙古这样的民族，如果靠硬打是很难征服他们的。而且当这些蒙古人一旦回到草原后，恶劣的生活环境也必定使他们恢复剽悍的素质。而草原又大，明军根本无法在这么大的地域里面随心所欲的作战，后勤补给就是一个大问题。而且中原地区的士兵又不习惯草原的生活，要想在草原设立长期的居住点显然不可能。于是在朱元璋晚年，明朝采用了守备的策略，继续对付元军。
这些策略中，首先就是修长城。明长城从辽东一直修到嘉裕关。连绵万里，其中宣化、大同之南还修筑了内长城，是一道防御蒙古人的屏障。其次就是设立羁縻卫所，让蒙古人自己管理自己，定期向中央进贡。第三，在边境设置军事重镇，并派驻重兵守护。其中最大的两个官职为宣大总督和蓟辽总督。在明初，朱元璋派自己的儿子统兵驻扎在草原的边缘附近，长年保持对蒙古的打击态势。这些措施保证了明初时期中原的安定与繁荣。朱元璋消灭蒙古的故事
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