从叙事层次看，超超叙述层介绍现实世界的《石头记》来历，超叙述层讲述的是《石头记》的“荒唐”(超验世界)的来历，二者相互对应，形成同构关系。前者的“作者”“历过一番梦幻”，“一事无成，半生潦倒”，既愧且悔;后者的顽石无材补天，被弃山下，且怨且叹，其幻形入世是“枉入红尘”，两者的经历和情感心态是相似的。“作者”的写作动机之重要方面是要“记述当日闺友闺情”，而石头上所记也把“几个异样女子”“半世亲睹亲闻的这几个女子”作为主要内容，两者并无二致。
在超叙述层中虽然把《石头记》的来历写得“荒唐”，但到后面仍然逐渐回到现实，由大荒山无稽崖的石头所记到空空道人抄录改书名，再到东鲁孔梅溪题《风月宝鉴》，最后落脚在曹雪芹身上，“披阅十载，增删五次”，成为此书之定稿人，其“悼红轩”实与前面说的记述闺友闺情相应，曹雪芹所题的诗:“满纸荒唐言，一把辛酸泪。都云作者痴，谁解其中味?”其口吻，其感慨，都显为作书人自抒之作，实际上提示着:这就是真正的作书者。因此这一叙述层中石头与曹雪芹也构成了喻指关系，这样从上一叙述层的“作者”到这一叙述层的“石头”—“曹雪芹”互相呼应、映照，共同完成了一幅关于《石头记》来历和作者的“烟云模糊”的水墨图。脂砚斋说“足见作者之笔，狡猾之甚”。但一些评点家都看得出作者的笔法，如王希廉在“《石头记》缘起既明”处批语:“自此以上，可当作者自序”。在石头上的渴语处，王希廉批道:“此渴乃作书者之自况也。”姚燮在“欲将已往所赖天恩祖德……以致今日一技无成、半生潦倒之罪，编述一集，以告天下，知我之负罪固多”处批语:“此数行是神瑛一生影子”。理解了超超叙述层和超叙述层之间的关系后，我们对主叙述层与上两层的关系就可以更清楚了。超超叙述层的叙述对象是“作者”，超叙述层的叙述对象是石先到了主叙述层，叙述者是石头，叙述对象是神瑛侍者—宝玉。前面已说明“作者”与“石头”的喻示关系，那么“石头”与“神瑛侍者一-宝玉”又是什么关系呢?由于《红楼梦》脂本与程高本的歧异，在表述这种关系上出现了不同的情形。
在脂本中，“石头”与“神瑛侍者”没有明显写出等同的关系，“石头”被一僧一道携带往警幻仙子宫中，以让其随神瑛侍者下凡“造历幻缘”，“神瑛侍者”在凡间变为人身即贾宝玉，石头则为宝玉身上所戴之“通灵宝玉”，后来就作为主人公的附身物通过其经历去“说”宝玉的经历，这便是大荒山无稽崖的大石上所记的故事。而在程高本是写那女蜗未用的石头游玩到警幻仙子处，仙子留其居于赤霞宫，名之为赤霞宫神瑛侍者，因以甘露灌溉绛珠仙草，遂有“还泪”之缘，在警幻处挂号，下凡造劫历缘，于是有了人世中的贾宝玉与林黛玉的故事，石头—神瑛侍者—贾宝玉二者之间构成了幻形转世的关系，超叙述层的叙述对象石头既是主叙述层的叙述者，也是这一层的叙述对象宝玉的本根。
脂评本没有直接写大荒山的顽石转为神瑛侍者，也就没有明写石头是幻化为贾宝玉，但从“赤瑕宫神瑛侍者”(与程高本的“赤霞宫神瑛侍者”有异)的命名，神瑛侍者下凡之化身为宝玉来看，石头与神瑛侍者和宝玉应该是三者对应的。因为“瑛”就是“似玉美石”(《玉篇》)，而“赤瑕”脂批有云:“按瑕字本注:‘玉小赤也，又玉有病也’以此命名恰极”。为什么说以“玉有病”之意去命名极恰当呢?请看第三回:黛玉初见宝玉时，书中写道:“后人有《西江月》二词，批宝玉极恰”。其中说宝玉是“可怜辜负好韶光，于国于家无望。天下无能第一，古今不肖无双”“似傻如狂”“潦倒不通世务，愚顽怕读文章，行为偏僻性乖张”，这些用反讽笔调对宝玉所做的概括性评论，不正是说明了宝玉此人的思想行为，用正统的人生观来看不就是“有病”吗?再联系后面具体展开的故事来看，书中人物除了林黛玉等极少数人外，无不将宝玉看成“乖僻邪谬”“酒色之徒”“混世魔王”“孽障”，他有“痴病”“呆气”“下流痴病”，这些都是“玉有病”的形象展示，所以“后人有《西江月》二词，批宝玉极恰”跟脂批“以此命名恰极”意脉贯通。主叙述层写宝玉的“不肖”“于国于家无望”与前面超叙述层的石头成为“弃材”自怨自叹“枉入红尘若许年”，再与前面超超叙述层“作者自云”所说的“今日一事无成，半生潦倒之罪”既愧且悔的表白，都是很明显的应照，三者形成了比拟、同构的关系，用大平闲人张新之的话来说就是“子母连环，阵势相对”。
前面说到脂评本中痛僧把顽石变成一块鲜明莹洁的美玉，那么神瑛侍者也就暗指石头，神瑛侍者下凡幻化成贾宝玉，其“衔玉而生”实际上是石头幻化的一个物质性标记。因此“深知拟书底里”的脂砚斋既清楚石头幻化为“通灵宝玉”所具有的记录和叙述者功能，同时又把宝玉这一人物形象看作石头的化身。先看有关石头作为记录和叙述者的脂批:
第一回“最是红尘中一二等富贵风流之地”旁批:
妙极!是石头口气。
第三回“摘下那玉，就狠命摔去”旁批:
试问石兄:此一摔，比在青埂峰下萧然坦卧何如?
第六回“若谓聊可破闷时，待蠢物逐细言来”夹批
妙谦，是石头口角。
第八回“次日带时便冰不着脖子”夹批:
试问石兄:此一握，比青埂峰下松风明月如何?
第十五回“宝玉不知与秦钟算何帐目，未见真切……”夹批:
……故特因此二三件隐事，借石之未见真切，淡淡隐去，越觉得云烟渺茫之中，无限丘壑在焉。
第十八回“所以到是省了这工夫笔墨，且说正紧的为是”夹批:
自“此时”以下皆石头之语，真是千奇百怪之文。
“若不亏痛僧、踱道二人携来到此，又安能得见这般世面”眉批: 如此繁华盛极花团锦簇之文，忽用石兄自语截住，是何笔力，令人安得不拍案叫绝?阅历来诸小说中有如此章法乎?
“诸公不知，待蠢物将原委说明”夹批:
石兄自谦，妙!可代答云:岂敢。
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