享庙之争
淳熙十五年（1188年）三月，孝宗采纳翰林学士洪迈之议，以吕颐浩等人配飨高宗庙祀。杨万里力争主战名相张浚当配飨，指斥洪迈不俟集议、专辄独断，无异“指鹿为马”，因此惹恼孝宗。孝宗说：“万里以朕为何如主？”因此削去直秘阁，出知绢州（今江西高安）。
复召还朝
淳熙十六年（1189年）二月，孝宗禅位于太子赵惇（即宋光宗）。杨万里于五月复直秘阁，八月被召，九月入京。他连上三札，要求光宗爱护人才、疏远奸佞，做到“一日勤，二日俭，三日断，四日亲君子，五日奖直言”（《第三札子》）。十月，除任秘书监。
绍熙元年（1190年），以焕章阁学士职充任接伴金国贺正旦使，兼实录院检讨。八月，《孝宗日历》修成，照例应由杨万里为《日历》作序，而宰臣却另命礼部郎官傅伯寿作序，杨万里因此自劾失职，请求去职，光宗挽留。接着又因要进《孝宗圣政》书，本应由杨万里奉进，但孝宗犹念旧恶，大不痛快，因此外调杨万里为江东转运副使，暂时代理总管淮西和江东军马钱粮。
幽居不出
绍熙二年（1192年），朝廷下令于江南诸郡行使铁钱会子，杨万里上书谏阻，不奉诏，得罪宰臣，因此改任赣州知州，杨万里未就职，并请求任祠禄官，获授秘阁修撰、提举万寿宫，于八月谢病自免，回归吉水。自此幽屏，便与世绝。[10]
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